R cookbook of Xiaotao Shen
Welcome
1
Markdown
1.1
Markdown语法
1.2
标题 (Header)
1.3
图片 (Image)
1.4
链接 (Links)
1.5
强调 (Emphasize)
1.6
引用(Blockquotes)
1.7
代码块 (Code chunks)
1.8
水平线 (Horizontal rule)
1.9
列表 (List)
1.10
表格 (Tables)
1.11
段落
1.12
插入icon
1.13
数学公式 (Equations)
1.13.1
行内和行外
1.13.2
上标和下标
1.13.3
占位符
1.13.4
四则运算
1.13.5
集合运算
1.13.6
数学符号
1.13.7
希腊字母
1.14
视频 (Video)和音乐 (music)
1.15
Markdown编辑器
2
Rmarkdown
2.1
安装
2.2
Rmarkdown结构
2.3
YAML
2.4
R代码块
2.5
代码块参数 (Chunk options)
2.5.1
代码是否执行
2.5.2
代码控制 (code decoration)
2.5.3
缓冲 (cache)
2.5.4
图像控制(plot)
2.6
全局代码块参数
2.7
具体问题的cookbook
2.8
Rmarkdown特有语法
2.8.1
图片 (image)
2.8.2
表格 (Table)
2.8.3
地图 (map)
2.9
输出格式
2.9.1
HTML格式
2.9.2
PDF格式
2.9.3
Word格式
3
Rmarkdown拓展
3.1
Blogdown
3.1.1
需要准备的东西
3.1.2
安装
3.1.3
创建项目
3.1.4
预览
3.1.5
使用Rstudio IDE来管理网站
3.1.6
更改为其他的主题
3.1.7
发布自己的网站
3.1.8
发布到github上
3.2
Bookdown
3.3
Presentation
3.4
Pagedown
3.5
Pkgdown
4
Git和github
4.1
安装git
4.2
注册github账户
4.3
Git基础知识
4.4
Git配制
4.4.1
安装git之后,需要进行一些全局设置,比如用户名邮箱.
4.4.2
生成秘钥
4.5
Git基本操作
4.5.1
创建本地git仓库(reop)
4.5.2
将文件添加到版本库
4.5.3
查看仓库状态
4.5.4
查看仓库中的具体修改
4.5.5
查看提交的历史记录
4.5.6
版本回退
4.5.7
回到未来某个版本
4.5.8
撤销修改
4.5.9
删除文件
4.6
git的分支管理
4.6.1
查看分支
4.6.2
创建分支
4.6.3
切换分支
4.6.4
switch
命令
4.6.5
合并分支(merge)
4.6.6
删除分支
4.6.7
分支提交冲突
4.6.8
分支策略
4.7
远程仓库(GitHub)
4.7.1
添加到远程仓库
4.7.2
推送到远程仓库
4.7.3
从远程仓库获取最新内容
4.7.4
查看远程仓库信息
4.7.5
从远程仓库克隆
4.8
设置忽略文件
4.9
多人协作
4.9.1
创建远程仓库
4.9.2
本地创建分支并推送到远程仓库
4.9.3
邀请合作者
4.9.4
合作者参与项目
4.9.5
克隆项目
4.9.6
开始工作
4.9.7
有冲突怎么办
4.9.8
抓取分支
4.9.9
多人协作的工作模式
4.10
How to work together use git and github for metID (for Han)
4.10.1
Set up you git and github
4.10.2
Accept the invitation
4.10.3
Git clone the repository
4.10.4
Add the repo into the github desktop
4.10.5
Begin to work
4.10.6
Push your work to github
5
ggplot2
5.1
安装
5.2
基础知识
5.2.1
ggplot图像的三个元素
5.2.2
颜色,性状,大小和其他的美学属性(aesthetic attributes)
5.2.3
分面(Facetting)
5.2.4
图形的图层(geom)
5.3
单独几何对象(individual geoms)
5.3.1
基础图形
5.4
复杂几何对象(collective geoms)
5.4.1
多个组一个美学属性(aesthetic)
5.4.2
多组并且多个图层(layer)
5.5
覆盖默认分组
5.5.1
将美学属性match到图形对象上
6
Network分析总结
6.1
Example one
6.2
Example two
7
多组学分析
7.1
WGCNA
7.2
基础概念
7.2.1
无尺度网络(scale free network)
7.2.2
模块(module)和模块特征值
7.2.3
连通性 (Connectivity)
7.2.4
Hub gene
7.3
WGCNA 介绍
7.3.1
计算基因的相关性
7.4
使用WGCNA包进行分析
7.4.1
Data input and cleaning
7.4.2
Network analysis of liver expression data in female mice
7.4.3
Relating modules to external information and identifying important
7.4.4
对module进行分析
8
正则表达式
8.1
特殊字符
8.2
匹配(match)
8.3
替换 (Alternates)
8.4
锚点(anchors)
8.4.1
以固定要求开头
8.4.2
以固定要求结尾
8.5
数量(Quantifiers)
8.6
整体匹配 (groups)
8.7
反义
9
Tidyverse
用于数据分析stringr
9.1
安装
9.2
Rstudio Addin
9.3
Pattern matching
9.3.1
计算一个文本中符合要求的数目
9.3.2
判断一个文本中是否存在一个pattern
9.3.3
从文本中提取pattern
9.3.4
确定某个pattern在文本中的位置
9.3.5
从文本中提取(extract)匹配到的group
9.3.6
从文本中去除匹配到的pattern
9.3.7
从文本中替换匹配到的pattern
10
功能化函数编程
purrr
10.1
安装
10.2
map
函数系列
10.3
map
变种函数
10.3.1
map2
系列函数
10.3.2
pmap
和
pwalk
系列函数
11
Modern Statistics for Modern Biology
References
Find me in my blog
R cookbook from Xiaotao Shen
Chapter 11
Modern Statistics for Modern Biology
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